Nació el 7 de febrero de 1619 en Beaune (Francia).
Sus padres, Pierre Parigot y Jeanne Battaille, eran dos burgueses influyentes y acomodados que muy pronto llevaron a la niña a una vida auténticamente cristiana. A los 12 años Margarita perdió a sus padres. Su tío sacerdote, que había donado el antiguo claustro a las carmelitas, no pudo hacer nada mejor que entregar a su sobrina a la custodia de las monjas, encargándoles la educación de la piadosa niña.
Así, el 24 de septiembre, con permiso especial de los Superiores, entró en el Carmelo, recibiendo ese mismo día la Primera Comunión de manos de su tío. Según la costumbre de la Orden, se le impone un nuevo nombre, al que se añade "del Santísimo Sacramento" en memoria de la gracia otorgada ese día a la afortunada niña.
Desde el momento de su noviciado, comprendió con asombrosa claridad que Dios le había encomendado una misión particular. Debía dar a conocer al mundo los tesoros de la Infancia divina y los dolorosos sufrimientos del Salvador.
En el Carmelo de Beaune, Margarita no sólo encontró una profunda comprensión de su devoción y amor por el Niño Jesús, sino también un terreno muy fértil en el que el divino grano de trigo podía echar raíces y desarrollarse de manera exhuberante.
En los primeros años de su vida religiosa, sufrió indeciblemente bajo los ataques a menudo duros y amargos del perverso enemigo. A veces parecía que la pobre niña tenía que luchar con "principados y potestades, contra los gobernantes de este mundo de tinieblas, contra los malos espíritus esparcidos por el aire". Sin embargo, todo sirvió sólo para purificar su amor, haciéndola refugiarse sólo a los pies del Niño Jesús.
Cada mañana y cada tarde, Margarita pasaba mucho tiempo en oración ante el Niño Jesús, cuando enfermó gravemente y sintió que se acercaba su última hora, le pedía con insistencia que le concediera la alegría de ver transportado a su querido Rey de Gracia cerca de la enfermería, para poderlo contemplar y cumplir su último sacrificio bajo su mirada.
Murió en 1648, a la edad de 20 años.
El decreto sobre las virtudes heroicas fue promulgado el 10 de diciembre de 1905.