Nació el 2 de enero de 1643 en Módena (Italia).
Tuvo como afortunados padres al príncipe Francisco I, duque de Módena (que sucedió en el ducado a su padre Alfonso III de Este que había abdicado para convertirse en capuchino) y a la princesa María Farnesio, hija de Ranuzio I, duque de Parma. Eleonora era prima hermana de la Princesa Catalina Farnesio de Parma, quien también vistió el hábito de las Carmelitas Descalzas, pero en el Monasterio de Santa Teresa de Parma, tomando el nombre de Sor Teresa Margarita de la Encarnación: alma escogida, heroica, llena del Espíritu de Dios, cuya vida santa era toda un perfume del Cielo (1637-1684).
Bautizada en la Capilla de la Corte el mismo día de su nacimiento, tuvo como padrino a su tío el cardenal Rinaldo de Este. Su piadosísima madre la ofreció, apenas nacida, a la Santísima Virgen. Educada cristianamente y nutrida de una verdadera y sólida piedad, creció en la corte en edad, en gracia y en virtud. Había en ella una pureza angelical, un amor muy ardiente por Jesús, una devoción muy tierna por la Virgen, un estudio de la perfección en todas las pruebas, una mortificación constante del cuerpo y del espíritu, una caridad inagotable hacia el prójimo, hasta ser llamada "Madre de los pobres". Ante la insistencia del rey de Inglaterra de que quería como esposa, respondió con una negativa cortés pero firme. El 3 de mayo de 1674 deja la Corte, ingresa en las Carmelitas Descalzas de Módena y toma el hábito religioso, tomando el nombre de Sor María Francesca del Espíritu Santo.
Tenía 31 años. Entrando en el monasterio, dijo a las monjas: " hagan conmigo lo que quieran". Y cumplió su palabra con perfecta consistencia. Abrazó la dura vida del Carmelo Teresiano, viviéndola en todo su rigor. Ejercía todas las virtudes en sumo grado, siendo ejemplo y estímulo de las Hermanas. Dos virtudes sobresalían en ella de manera especial y prodigiosa: humildad y obediencia. Precisamente las dos virtudes que en ella, por su origen, su sangre y sus hábitos de vida, deberían haber encontrado terreno menos adecuado.
Mujer de inteligencia fuera de lo común, de voluntad tenaz, de singular prudencia, de amplias miras y de verdadero corazón maternal, fue llamada repetidamente por los superiores para gobernar la Comunidad. Y su gobierno siempre fue sabio. De ella se decía que además de ser una gran santa, también era hábil, por su prudencia, para gobernar un imperio. Tal era la estima de que gozaba que laicos y eclesiásticos acudían a ella en busca de consejo.
La Venerable Madre María Francisca del Espíritu Santo coronó su santa vida con una santísima muerte el 24 de febrero de 1722, a los 79 años de edad.
La investigación diocesana sobre "vida, virtud y fama de santidad" se cerró en 1729.
