Né dans la ville de Calahorra en Espagne le 27 janvier 1564, il est le fils de Diego de San Pedro et d'Anna De Ustarroz.
À l'université d'Alcalà de Henares, en plus d'étudier la philosophie et la théologie, il se spécialise en latin et en grec. Il est un latiniste raffiné, un excellent spécialiste des controverses scolastiques et un connaisseur de la langue hébraïque.
En 1582, il entre au noviciat des Carmes Déchaux de Pastrana sous le nom de Jean de Jésus-Marie et y fait sa profession le 23 janvier 1583. En 1584, il est envoyé en Italie dans la communauté nouvellement établie à Gênes, où il est ordonné prêtre en 1590. D'abord à Gênes, puis à Rome en 1584, il nommé Maître des novices, charge qui marque son ministère tout au long de sa vie. En 1597, il est chargé de réviser les Constitutions et les lois de l'Ordre suite à la décision de Clément VIII de rendre la branche italienne indépendante de la branche espagnole.
Au Chapitre Général de 1605, Jean de Jésus-Marie est élu Conseiller Général et Maître des novices. Au Chapitre Général de 1608, il est élu Procureur Général de l'Ordre, office qui lui permet de faire avancer la cause de la canonisation de la Mère Thérèse de Jésus, dont il est l'un des premiers biographes.
Au Chapitre Général de 1611 célébré à Montecompatri, Jean de Jésus-Marie est élu Préposé Général. Pendant son généralat, le "Séminaire des Missions" est créé, d'abord dans la petite église de St Paul dans les jardins de Salluste à Rome (aujourd'hui Santa Maria della Vittoria), puis transféré dans la Basilique de Saint Pancrace hors les Murs. Grâce à ce séminaire, les Carmes Déchaux purent ouvrir des maisons à Ormutz, dans le Golfe Persique, à Tatta, à l'embouchure de l'Indus, à Goa, en Angleterre (1614), à Paris, Louvain, Lviv (en 1613, dans le but de favoriser la réconciliation des Ruthéniens à Rome), Cologne, Milan (1622). Bologne.
Une fois son mandat de Supérieur Général terminé et voyant la fin arriver, il voulut se retirer dans la splendide solitude de Montecompatri. Il y meurt le 28 mai 1615.
Le 7 mai 1999, le décret sur la validité de l'enquête diocésaine sur sa "vie, ses vertus et sa réputation de sainteté" a été accordé.
Le 25 novembre 2021, le décret sur l'héroïcité des vertus est promulgué.