Nacida en Tartanedo, Guadalajara (España) en el seno de una familia acomodada, perdió a su padre a los cuatro años y se encontró heredera de una gran fortuna. En 1577, en vida de la reformadora Teresa de Jesús, ingresó en el monasterio de las Carmelitas Descalzas de Toledo.
Vivió en el monasterio de Toledo el resto de su vida, a excepción de un breve período en el que participó en la fundación de un Carmelo Teresiano en Cuerva. Al principio tuvo funciones humildes, pero luego fue nombrada maestra de novicias y más tarde subpriora.
Fue elegida priora, pero debido a las acusaciones que le hizo una monja envidiosa, sor Catalina de la Ascensión, frente al visitador, en 1600 fue depuesta. En 1619, después de diecinueve años de persecución despiadada y feroz, sor Catalina se reconcilió con María de Jesús y murió en paz. Así en 1620 fue reconocida la inocencia de María de Jesús y fue reelegida por unanimidad en 1624.
Los últimos diez años de su vida estuvieron marcados por la enfermedad: murió a los ochenta años el 13 de septiembre de 1640.
La ceremonia de beatificación tuvo lugar el 14 de noviembre de 1976.
