Nasceu em Fitero (Navarra), em Espanha, no dia 24 de junho de 1600, e foi batizado em 29 de junho, festa de São Pedro, pelo qual sempre teve especial devoção.
Em 1610, sua educação foi confiada aos cuidados do bispo de Tarazona, Monsenhor Diego de Yepes, e frequentou por cinco anos o Colégio da Companhia de Jesus na cidade de Tarazona, de onde passou às Universidades de Huesca, Alcalá e Salamanca. Concluídos os estudos, retornou a Ariza em 1621, onde governou os estados de seu pai, o marquês, e teve a oportunidade de ler e aprofundar muitos autores e textos.
Por interesse do conde-duque de Olivares, foram-lhe oferecidos postos e honras na Madri de Felipe IV, inicialmente no Conselho de Guerra, em 1626, e, a partir de 1629, no Conselho das Índias, distinguindo-se em ambos notavelmente pela prudência e inteligência em suas intervenções.
Em 1629 aconteceu um fato decisivo em sua vida quando, depois de um ano de intensa preparação na oração e na penitência, recebeu a ordenação sacerdotal em 15 de abril. Pouco após a ordenação, o rei lhe conferiu a missão de acompanhar, na qualidade de capelão e esmoler, sua irmã Maria, que se tornou esposa do rei da Hungria, futuro imperador. Foi durante essa viagem de mais de um ano pela Europa que aconteceu seu encontro místico com a Humanidade de Cristo através de um crucifixo, com os braços e as pernas quebrados pelos hereges. Sentiu que o Crucificado lhe pedia que não o deixasse abandonado ali; tomou-o para si, mandou restaurá-lo e fez dele seu companheiro de viagem pelo resto da vida.
Em 1639, após as oportunas consultas, Padre João de Palafox foi designado para a sé episcopal de Puebla de los Ángeles, com o acréscimo de outros importantes encargos de governo na Nova Espanha, como o de Visitador. Partiu para as Índias em 1640 e ali permaneceu até 1649, desempenhando importantes encargos a serviço da monarquia e da Igreja, não sem suscitar desagrados e incompreensões por parte daqueles que recusavam submeter-se às diretrizes da disciplina eclesiástica e à ordem estabelecida pelas leis da monarquia. Naquelas terras ainda se recorda o Beato Palafox como o grande reformador, o incansável pastor de almas, o protetor dos deserdados e indígenas, também como o construtor da catedral e de numerosos outros edifícios, e o fundador da Biblioteca Palafoxiana, formada por diversos milhares de volumes que regalou à sua biblioteca privada trazida da Espanha.
Como prelado, distinguiu-se por sua atenção pastoral e educativa, criando os Colégios de São Pedro e São Paulo para a formação dos seminaristas, erigindo neles cátedras de línguas indígenas, sem o conhecimento das quais não ordenava os sacerdotes. A construção da catedral, de igrejas paroquiais e outras fundações estiveram sempre no centro da sua atenção, assim como a instrução do povo fiel na doutrina da fé, mediante as catequeses que ele mesmo ministrava em suas visitas.
Como bom canonista e zeloso pastor, preocupou-se especialmente em aplicar estritamente as normas promulgadas pelo Concílio de Trento referentes à disciplina eclesiástica, ao culto eucarístico, ao culto de Maria e dos santos, à dignidade da liturgia e do canto e, sobretudo, aquelas que se referem às suas mais constantes preocupações: a formação do clero.
O bispo Palafox teve que retornar à Espanha por ordem do rei, em consequência dos problemas suscitados por suas intervenções como reformador, mas continuou governando a diocese por meio dos seus vigários e das cartas pastorais até 1654, quando foi transferido para a diocese de Osma, onde continuou exercendo seu zelo pastoral até a morte, acontecida no palácio episcopal daquela cidade, em 1º de outubro de 1659.
A cerimônia da beatificação se deu em 5 de junho de 2011.
